Os cursos de doutorado e mestrado da ESPM são oferecidos pelos programas de pós-graduação stricto sensu das unidades São Paulo e Rio de Janeiro. Reconhecidos pela Capes, apresentam como foco a formação de pesquisadores e professores de alto nível, com competência de inserção nacional e internacional e capacitados para atuar nas áreas de pesquisa, orientação e ensino.